Modo 1 — Matriz alinhada

Recebe FASTA já alinhado e pula o alinhamento. Permite destacar espécimes, informar outgroup e escolher FastTree ou IQ-TREE. No multiloci, aceite uma matriz concatenada com partição TXT/NEXUS ou vários FASTA alinhados; sem partição, uma NEXUS é gerada.

Modo 2 — Adicionar sequências

Escolha uma matriz do catálogo curado e forneça as novas sequências por FASTA ou texto. O MAFFT usa --add. Datasets com vários loci exigem um FASTA novo para cada locus selecionado e são concatenados com partição automaticamente.

Modo 3 — Alinhar do zero

Recebe matriz não alinhada e executa MAFFT, trimAl e inferência da árvore. A estratégia do MAFFT e o método/parâmetros do trimAl podem ser ajustados. O multiloci aceita de 1 a 10 regiões, processa cada uma separadamente e gera um ZIP com intermediários e relatórios.

Modo 4 — Renderizar árvore

Recebe uma árvore Newick .nwk/.tre pronta e apenas cria a visualização. Não alinha sequências nem recalcula a topologia.

Saídas e limites

Jobs concluídos podem oferecer Newick, SVG, PNG, PDF e arquivos de alinhamento/IQ-TREE conforme o modo. O Modo 2 não aceita uma matriz base arbitrária: somente datasets publicados no catálogo. Submissão de datasets externos e integração com TreeBASE/Dataverse ainda não estão disponíveis.

MAFFT — alinhamento

• L-INS-i (mafft-linsi): mais preciso para regiões conservadas localmente cercadas por áreas desalinhadas.
• G-INS-i (mafft-ginsi): indicado quando as sequências têm tamanhos similares e são globalmente homólogas.
• E-INS-i (mafft-einsi): recomendado para grandes regiões não alinháveis ou inserções/deleções longas.
• FFT-NS-1 (--retree 1): progressivo e muito rápido, indicado para mais de 2.000 sequências.
• FFT-NS-2 (--retree 2): abordagem progressiva rápida usando contagem de k-mer.
• --auto: escolhe automaticamente uma estratégia conforme as características das sequências.

trimAl — corte do alinhamento

Métodos automáticos: -automated1 escolhe heurísticamente um método; -gappyout usa a distribuição de gaps; -strict e -strictplus aplicam critérios mais rigorosos; -noallgaps remove apenas colunas 100% gaps; -nogaps remove toda coluna que contenha pelo menos um gap.

Métodos manuais: -gt controla a fração de gaps; -st define um limiar de similaridade; -ct define um limiar de consistência; -cons mantém apenas colunas que atingem a conservação mínima.

O que é uma análise multiloci

Cada locus ou região é tratado como um bloco de caracteres. O TreeApp alinha ou recebe os blocos, concatena as matrizes na ordem definida e fornece ao IQ-TREE uma partição que identifica os intervalos de cada região. Isso permite estimar uma árvore com vários loci sem perder a informação de onde cada posição veio.

Regras gerais

• Use um arquivo FASTA por região ou uma matriz concatenada, conforme o modo. Cada matriz regional deve ser válida e ter sequências alinhadas quando o modo exigir alinhamento prévio.
• Os nomes dos espécimes devem ser consistentes entre os arquivos. Quando um espécime não aparece em uma região, a concatenação usa ? para representar dados ausentes.
• A partição deve corresponder aos intervalos e aos nomes dos loci. Referências a arquivos inexistentes, intervalos incompatíveis e nomes duplicados são rejeitados.
• Análises particionadas usam IQ-TREE com seleção de modelos e união de partições (MFP+MERGE). FastTree não é oferecido nesse fluxo.

Modo 1 — matrizes já alinhadas

Ative “Análise multiloci com partições” e envie uma matriz concatenada ou vários FASTA alinhados, um por região. Para uma matriz concatenada, o arquivo TXT ou NEXUS de partição é obrigatório. Para vários arquivos regionais, a partição é opcional: sem ela, o TreeApp gera uma NEXUS com uma partição por arquivo.

• Todas as sequências de cada FASTA precisam ter o mesmo comprimento.
• A caixa “Destacar espécimes” continua disponível: cole um nome por linha para destacá-lo em negrito e vermelho no SVG.
• O outgroup é usado para enraizar a árvore renderizada; o IQ-TREE é selecionado automaticamente para a análise particionada.

Modo 2 — adição de sequências em vários loci

Esta opção só aparece quando o dataset curado selecionado publica mais de um locus. Selecione os loci disponíveis e envie um FASTA de novas sequências para cada locus. O TreeApp executa MAFFT --add separadamente, filtra os alinhamentos, concatena as regiões e gera a partição automaticamente.

• Todos os loci selecionados precisam receber sequências novas; não é possível enviar apenas parte da seleção.
• A matriz base vem do catálogo curado. Uma matriz base arbitrária enviada pelo usuário não é aceita no Modo 2.
• O outgroup padrão vem do dataset e pode ser substituído no formulário.

Modo 3 — alinhamento e trimagem por região

Ative “Processar várias regiões” e envie de 1 a 10 matrizes regionais não alinhadas. Cada região passa pelo MAFFT e pelo trimAl com sua própria configuração; depois os alinhamentos tratados são concatenados e recebem uma partição informando os intervalos regionais.

• A partição é opcional quando o TreeApp consegue gerar uma partição com base nos comprimentos finais das regiões; uma partição fornecida é preservada e usada.
• A estratégia do MAFFT e o método/parâmetros do trimAl podem ser configurados por região.
• O ZIP de alinhamentos inclui os intermediários regionais, a partição utilizada e os relatórios HTML do trimAl quando produzidos.

Modo 4 — árvore pronta

O Modo 4 não é uma análise multiloci: ele recebe uma única árvore Newick pronta e apenas a renderiza. Para combinar loci nesse modo, faça a inferência particionada em um dos modos de análise e use o Modo 4 depois somente para uma nova renderização.

Validação de arquivos de partição

Partições TXT podem usar linhas como DNA, ITS = 1-577;. Partições NEXUS podem usar charset e referências como ITS.fas: 1-577. Os nomes dos arquivos e os intervalos precisam refletir exatamente a matriz usada.

Como a análise é executada

Após o pré-processamento, o TreeApp concatena os alinhamentos, executa o preflight do RAxML-NG para estimar os recursos e executa o IQ-TREE com seleção de modelos e união de partições (MFP+MERGE). O número final de threads é limitado pelo orçamento do container e aparece nos diagnósticos do job.

iqtree -p partition.nex -m MFP+MERGE -B 1000 -T 2

Download

O cartão de alinhamento de um job multiloci baixa um ZIP com as matrizes regionais processadas, a concatenação quando aplicável, os intermediários e as partições de entrada e/ou geradas. Árvore Newick, SVG, PNG, PDF e o resumo do IQ-TREE continuam em cartões separados quando disponíveis.

Posição inicial

Em um resultado sem estado salvo, a árvore começa com 40% de zoom, próxima ao topo e alinhada à direita do quadro. A altura inicial do quadro acompanha a altura da árvore nessa escala, com uma pequena margem.

Zoom

• Use os botões de aumentar, diminuir, ajustar à janela e resetar zoom.
• Use a roda do mouse sobre o quadro ou o gesto de pinch em uma tela sensível ao toque.
• Com o quadro focado, use +/- para ampliar ou reduzir e 0/Home para ajustar a árvore à janela.

Mover a árvore

No mouse, segure Space e arraste; o botão do meio também pode ser usado. Em touch, use dois dedos para mover ou aplicar pinch. Um dedo continua disponível para rolar a página.

Redimensionar o quadro

Arraste a alça no canto inferior direito para aumentar ou reduzir a largura e a altura do quadro. Em telas menores, o quadro continua redimensionável nas duas direções, respeitando a largura mínima disponível.

Persistência e downloads

Zoom, posição e tamanho do quadro são salvos separadamente para cada resultado e tipo de árvore no navegador. O ajuste da tela é apenas visual: SVG, PDF, PNG e demais downloads continuam sendo os arquivos renderizados pelo servidor.